Caracterización genómica de los sitios de integración de provirus HTLV-I en linfocitos de individuos asintomáticos del suroccidente

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Autores

Mercedes Salcedo Cifuentes

Resumen

Aunque algunas proteínas virales juegan un papel importante en la patogenesis de las enfermedades asociadas con el HTLV-I, su estilo integracional permanece parcialmente sin resolver. En este trabajo se evaluaron características de la cromatina en una región de 100 Kbp alrededor de provirus HTLV-I en sujetos seropositivos asintomáticos. A partir de una biblioteca genómica humana de clones IPCR proveniente de cuatro individuos seropositivos asintomáticos del Suroccidente colombiano, se secuenciaron 27 clones. Mediante el uso del programa BLAT del Genome Browser UCSC, se calculó el contenido de C/G y las diferencias estadísticas del número de islas CpG, de elementos repetidos, de genes referenciados y otras covariables genómicas, mediante pruebas no parametricas. El contenido promedio de C/G en una región de 50 bp del sitio de integración proviral, fiie de 57.6%. Las integraciones se distribuyeron con mayor frecuencia en las porciones subtelomericas de los cromosomas l, 2, 3, 4, 5, 9, 10, ll, 14, 16, 17, and 19. El 89.9% de las secuencias correspondieron a elementos repetidos, 9.65% a islas CpG y solamente 0.46% a genes (p<0.00l). SINE and LINE fiieron las secuencias repetidas mas abundantes. AluSX fiie el elemento Alu más frecuente (70.9%) (p<0.0l). Se concluye que la integración del HTLV-I en el estado asintomático ocurre en áreas de la cromatina celular con elevada densidad de elementos SINE/LINE que estarían favoreciendo estados conformacionales variables de la cromatina, además de eventos epigeneticos.

 

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